import xarray as xr
import matplotlib.pyplot as plt

ds = xr.open_dataset("test.nc")

# suposição: ds já é seu dataset
#fill_value = 1.267651e30
fill_value = 1e30

# criar uma versão mascarada da variável
mdepth_masked = ds.mdepth.where(ds.mdepth != fill_value)

# plot
plt.figure(figsize=(10,6))
mdepth_masked.plot()  # ou outro colormap que preferir
plt.title('Bathymetry (mdepth) sem valores fill')
plt.xlabel('Longitude')
plt.ylabel('Latitude')
plt.show()